柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：约翰·C·赖利 萨拉·西尔弗曼 杰克·麦克布瑞尔 简·林奇 艾伦·图代克 敏迪·卡灵 乔·洛·特鲁格里奥 艾德·奥尼尔 丹尼斯·海斯伯特 伊迪·麦克勒格 雷蒙德·S·佩尔西 杰斯·哈梅尔 瑞秋·哈里斯 斯盖拉·阿斯丁 亚当·卡罗拉 霍拉提奥·桑斯 莫里斯·拉马奇 斯戴芬妮·斯考特 约翰·迪·马吉欧 瑞奇·摩尔 凯蒂·洛斯 贾米·埃曼 乔西·特立尼达 辛贝·沃克 塔克·吉莫尔 布兰登·斯考特 蒂姆·梅尔滕斯 凯文·迪特斯 杰洛·里佛斯 马丁·贾维斯 布莱恩·克辛格 罗杰·克莱格·史密斯 菲尔·约翰斯顿 鲁本
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演员：横山智佐 富泽美智惠 高乃丽 西原久美子 渊崎由里子 田中真弓 冈本麻弥 伊仓一惠 折笠爱 陶山章央 池田胜 北村弘一 子安武人 冈村明美 增田由纪 冰上恭子 矢尾一树 乡里大辅 松野太纪 三矢雄二 难波圭一 藤原启治 西村知道 中田让治 中岛聪彦 麻生智久 小形满 佐佐木诚二 园部好德 山寺宏一
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